Zakład Fizjologii nawiązał liczne kontakty z jednostkami naukowymi w kraju i zagranicą. W wymiarze praktycznym współpraca obejmowała wymianę pracowników w ramach staży naukowych, prowadzenie wspólnych badań naukowych oraz publikowanie wyników prac. Spośród wielu jednostek naukowych należy wymienić w szczególności:
•    Environmental Stress Institute, University of California (UCSB), Santa Barbara
•    Physical Culture Research Institute, Faculty of Physical Education and Sports, Charles’ University, Prague
•    Deutsche Sporthochschule, Köln
•    Le Département des Sciences du Sport , Institut National du Sport et de L’Education Physique (INSEP), Paris
•    Zakład Fizjologii Stosowanej, Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej PAN, Warszawa
•    Wojskowy Instytut Medycyny Lotniczej (WIML), Warszawa
•    Wojskowy Instytut Higieny i Epidemiologii (WIHE), Warszawa
•    Zakład Fizjopatologii Oddychania Instytutu Gruźlicy i Chorób Płuc, Warszawa

Znaczna część prac badawczych w Zakładzie Fizjologii realizowana jest w ścisłej współpracy ze środowiskiem sportowym, z udziałem zawodników, trenerów i lekarzy sportowych, w szczególności z takich związków jak: PZ Judo, PZ Kajakowy, PZ Kolarski, PZ Łyżwiarstwa Szybkiego, PZ Pięcioboju Nowoczesnego, PZ Pływacki, PZ Narciarski, PZ Towarzystw Wioślarskich.